『ガーディアンヒーローズ』は3ライン方式の対戦格闘アクションです。画面の奥・中央・手前に分かれた3種類のラインを、「ライン移動」ボタンを使って移動、同じラインにいる相手には弱・中・強、3種類の攻撃ボタンで攻撃します(アレンジモード時。オリジナルは弱・強の2種類)。「ガード」ボタンで防御も可能です。攻撃は単純にボタンを押すだけでなく、コマンド入力と組み合わせることで対戦格闘ゲームさながらに強力な必殺技を使うことができます。
また、「魔法」ボタンで、強力な魔法を使うこともできます。魔法はホーミングするファイヤーボールやサンダーボルトからバリアや回復など、使用するキャラクターによって種類も数もさまざま。多くの魔法はラインを越えた相手にも影響を及ぼします。